שילוב טרנסקריפטומיקה בפרופיל קווי תאים של SNU

שילוב טרנסקריפטומיקה בפרופיל קווי התאים של SNU

מחקר הסרטן המודרני מסתמך במידה רבה על אפיון מדויק של קווי תאים כדי להבטיח תוצאות ניסוי אמינות וניתנות לשחזור. ב-Cytion, שיפרנו את תיק קווי התאים של אוניברסיטת סיאול הלאומית (SNU) באמצעות פרופיל טרנסקריפטומי מקיף, המספק לחוקרים תובנות מעמיקות יותר לגבי כלי מחקר חשובים אלה. שילוב זה מאפשר תכנון ניסויים מדויק יותר ותוצאות תרגומיות משמעותיות יותר, במיוחד במחקר סרטן במערכת העיכול.

נקודות מרכזיות
✓ פרופיל הטרנסקריפטומיקה מוסיף רובד חשוב של אפיון לקווי התאים של SNU	✓ חתימות מולקולריות משופרות משפרות את השחזור הניסיוני
✓ נתוני RNA-seq חושפים הפעלת מסלולים ייחודיים בכל הגרסאות של SNU	✓ פרופיל מקיף תומך ביישומים אונקולוגיים מדויקים
✓ דפוסי ביטוי גנים מתואמים עם פרופילי תגובה לתרופות	✓ מערכי נתונים משולבים זמינים עם כל קווי התאים Cytion SNU

פרופיל טרנסקריפטומי: הוספת שכבת אפיון חיונית לקווי תאים SNU

הפרופיל הטרנסקריפטומי המקיף שלנו של קווי תאים SNU מספק לחוקרים תובנות חסרות תקדים על דפוסי ביטוי גנים במודלים יקרי ערך אלה. באמצעות טכנולוגיות ריצוף RNA מהדור הבא, מיפינו את הנוף הטרנסקריפטומי המלא של כל וריאנט SNU באוסף שלנו, וזיהינו חתימות ביטוי ייחודיות המבדילות תאים אלה ממודלים סרטניים אחרים. אפיון מולקולרי מפורט זה חורג מהפרופיל הגנטי המסורתי, וחושף מסלולים ביולוגיים פעילים, אירועי splicing חלופיים וביטוי RNA לא מקודד, אשר יחד מעצבים את הפנוטיפים התאיים. עבור חוקרים החוקרים טיפולים ממוקדים או התערבויות ספציפיות למסלולים, נתוני הטרנסקריפטום הללו מספקים בסיס איתן לתכנון ניסויים וליצירת השערות.

נתוני RNA-seq חושפים הפעלת מסלולים ייחודיים בקרב וריאנטים של SNU

ניתוח RNA-seq מעמיק שביצענו חשף דפוסים ייחודיים של הפעלת מסלולים בין וריאנטים שונים של קווי תאים SNU, ומספק תובנות חשובות על המגוון התפקודי שלהם. כל נגזרת SNU מציגה סימנים ספציפיים של מסלולי איתות המשקפים את מקורם הייחודי ואת תת-סוגי הסרטן. לדוגמה, קווי קרצינומה הפטוצלולרית SNU מסוימים מציגים הפעלה מוגברת של מסלול Wnt/β-catenin, בעוד וריאנטים מסוימים של סרטן הקיבה מפגינים איתות JAK/STAT מוגבר. הבדלים מולקולריים אלה מסבירים את התגובות המשתנות לטיפולים ממוקדים שנצפו בתנאים ניסויים. על ידי ניצול נתוני טרנסקריפטום אלה, חוקרים יכולים לבחור את מודל ה-SNU המתאים ביותר לחקר מנגנונים אונקוגניים ספציפיים או מטרות טיפוליות, ובכך לשפר באופן משמעותי את הדיוק הניסויי ואת הרלוונטיות התרגומית. ניתוח המסלולים המקיף שלנו זמין עבור כל קווי התאים SNU של Cytion, ומאפשר לחוקרים לקבל החלטות מבוססות נתונים בבחירת המודל.

דפוסי ביטוי גנים מתואמים עם פרופילי תגובה לתרופות

הניתוח המקיף שלנו מגלה מתאם משמעותי בין דפוסי ביטוי גנים בקווי תאים SNU לבין תגובתם לסוכנים טיפוליים שונים. על ידי שילוב נתוני טרנסקריפטום עם פרופיל רגישות לתרופות מקיף, זיהינו חתימות גנים ספציפיות המנבאות תגובה לטיפולים ממוקדים, כימותרפיה ותרכובות חדשות. לדוגמה, קווי תאים SNU המפגינים ביטוי גבוה של רכיבי מסלול EGFR מפגינים רגישות מוגברת למעכבי טירוזין קינאז, בעוד שקווי תאים עם ביטוי גנים מוגבר לתיקון נזקי DNA מפגינים עמידות לטיפולים מבוססי פלטינה. יכולת חיזוי זו מאפשרת לחוקרים לבחור באופן רציונלי את וריאנטים ה-SNU המתאימים ביותר למודל ההיפותזה הטיפולית שלהם, ובכך להאיץ את תהליכי גילוי התרופות. קשרים בין ביטוי לתגובה שמיפינו מספקים מועמדים בעלי ערך לביומרקרים שניתן לאמת בדגימות קליניות, ויוצרים גשר תרגומי בין ממצאים במבחנה לתוצאות בחולים.

פרופיל טרנסקריפטומי של קו תאים SNU: תובנות מרכזיות

1

אפיון מקיף

• ריצוף RNA מהדור הבא
• תמונת מצב טרנסקריפטומית מלאה
• חתימות ביטוי ייחודיות
• תובנות על RNA לא מקודד
• אירועי שילוב חלופיים

2

פרופילי הפעלת מסלולים

• דפוסי איתות ספציפיים לתאים
• הפעלת Wnt/β-catenin בקווי HCC
• איתות JAK/STAT במודלים של קיבה
• מנבאים לתגובה לטיפול ממוקד
• הנחיות מפורטות לבחירת מודל

3

קורלציה בין תגובה לתרופה

• יחסי רגישות-ביטוי
• ביטוי EGFR מנבא תגובה ל-TKI
• גנים לתיקון DNA מצביעים על עמידות לפלטינה
• זיהוי מועמדים לביומרקרים
• יישומים במחקר תרגומי

הגישה הטרנסקריפטומית המשולבת של Cytion משפרת את הדיוק הניסויי ומאיצה את המחקר האונקולוגי

חתימות מולקולריות משופרות משפרות את יכולת השחזור של הניסויים

אתגר קריטי במחקר הסרטן הוא השחזור הניסיוני, המשפיע ישירות על תרגום הממצאים מהמעבדה למיטה. הפרופיל הטרנסקריפטומי שלנו של קווי תאים SNU מתמודד עם אתגר זה על ידי מתן חתימות מולקולריות המשמשות כנקודות ייחוס חזקות לבקרת איכות. חוקרים יכולים לאמת את מצב השעתוק של קווי התאים SNU שלהם מול הפרופילים הייחוסיים שלנו, ובכך להבטיח עקביות ניסיונית בין מחקרים ומעבדות. חתימות מולקולריות משופרות אלה מאפשרות זיהוי של שינויים עדינים במאפייני קווי התאים, העלולים להתרחש במהלך תרבית ממושכת או לאחר מניפולציה גנטית. על ידי מעקב אחר דפוסי ביטוי גנים מרכזיים, חוקרים יכולים לשמור בביטחון על הרלוונטיות הביולוגית של המודלים שלהם ולייצר תוצאות שניתן לשחזר ביתר קלות. בנוסף, הפרוטוקולים הטרנסקריפטומיים הסטנדרטיים שלנו מאפשרים השוואה טובה יותר בין ממצאים של מעבדות שונות, מקלים על שיתופי פעולה מחקריים ומאיצים את ההתקדמות המדעית בביולוגיה של הסרטן ובפיתוח טיפולים.

פרופיל מקיף תומך ביישומים אונקולוגיים מדויקים

האפיון הטרנסקריפטומי הנרחב של אוסף קווי התאים SNU שלנו ממקם מודלים אלה ככלי חשוב למחקר אונקולוגי מדויק. על ידי מיפוי הנוף המולקולרי של מודלים סרטניים מגוונים אלה, אנו מאפשרים התאמה מדויקת יותר בין קווי תאים לסוגים מולקולריים של חולים, ובכך משפרים את הרלוונטיות הקלינית של מחקרים פרה-קליניים. חוקרים יכולים כעת לבחור וריאנטים של SNU המשקפים באופן מדויק את הפרופילים הטרנסקריפטומיים של אוכלוסיות מטופלים ספציפיות, מה שמאפשר גישות פיתוח טיפוליות מותאמות אישית יותר. פרופיל מקיף זה תומך גם בזיהוי סמנים ביולוגיים חדשים העשויים לחזות את תגובת הטיפול בתת-קבוצות מטופלים שונות. לדוגמה, הנתונים שלנו חשפו דפוסים ייחודיים של ביטוי RNA בקווי סרטן קיבה מסוימים של SNU, המתואמים עם פרופילי תגובה לאימונותרפיה שנצפו בסביבות קליניות. שילוב נתוני הטרנסקריפטום עם מידע גנומי, פרוטאומי ופרמקולוגי יוצר מסגרת רב-ממדית המייצגת בצורה מדויקת יותר את המורכבות של סוגי הסרטן בבני אדם, ובסופו של דבר מקדמת את מטרות הרפואה המדויקת לספק את הטיפול הנכון למטופל הנכון בזמן הנכון.

מאגרי נתונים משולבים הזמינים עם כל קווי התאים SNU של Cytion

ב-Cytion, אנו מחויבים לספק לחוקרים משאבים מקיפים הממקסמים את השימושיות של מוצרי קווי התאים שלנו. כל קו תאים SNU בקטלוג שלנו מגיע כעת עם מערכי נתונים משולבים ומלאים הכוללים פרופילים טרנסקריפטומיים, נתונים גנטיים מאומתים ומאפייני תרבית מפורטים. מערכי נתונים אלה נגישים דרך הפורטל הדיגיטלי המאובטח שלנו, שבו חוקרים יכולים להציג דפוסי ביטוי גנים, לחקור ניתוחי מסלולים ולהשוות חתימות מולקולריות בין וריאנטים SNU שונים. הנתונים מסופקים בפורמטים סטנדרטיים התואמים לכלים ביו-אינפורמטיים נפוצים, מה שמאפשר שילוב חלק בתהליכי מחקר קיימים. ללקוחות הזקוקים לתמיכה נוספת, הצוות המדעי שלנו מציע שירותי ייעוץ כדי לסייע בפירוש מערכי נתונים מורכבים ובזיהוי המודלים המתאימים ביותר לשאלות מחקר ספציפיות. על ידי הנגשת משאבים משולבים אלה, אנו שואפים להאיץ את לוחות הזמנים של המחקר, להפחית את עלויות הניסויים ובסופו של דבר לשפר את ההשפעה התרגומית של מחקרים המשתמשים בקווי תאים של סרטן הקיבה וקווי תאים של סרטן הכבד שלנו. גישה מקיפה זו משקפת את מחויבותנו לקידום גילויים מדעיים באמצעות מודלים תאיים איכותיים ומאופיינים היטב.