สายเซลล์ SNU ในการศึกษาตัวปรับเปลี่ยนอีพิเจเนติก

สายเซลล์ SNU ในการศึกษาตัวปรับเปลี่ยนอีพิเจเนติก

ที่ Cytion เราตระหนักถึงคุณูปการอันล้ำค่าของเซลล์ไลน์จาก SNU (มหาวิทยาลัยแห่งชาติโซล) ที่มีต่อการวิจัยโรคมะเร็ง โดยเฉพาะอย่างยิ่งในสาขาที่กำลังพัฒนาอย่างรวดเร็วของตัวปรับแต่งอีพิเจเนติกส์ เซลล์ไลน์ที่ได้รับการจำแนกคุณลักษณะอย่างดีเหล่านี้ซึ่งได้มาจากผู้ป่วยมะเร็งชาวเกาหลีที่หลากหลาย ถือเป็นเครื่องมือสำคัญในการทำความเข้าใจชีววิทยาของเนื้องอกและการพัฒนาการรักษาแบบมุ่งเป้าในประชากรชาวเอเชีย

แบบจำลองมะเร็งที่หลากหลายพร้อมลายเซ็นทางอีพีเจเนติกที่ไม่เหมือนใคร

สายเซลล์ SNU ที่ก่อตั้งขึ้นที่มหาวิทยาลัยแห่งชาติโซล เป็นคอลเลกชันที่หลากหลายของโมเดลเซลล์มะเร็งกว่า 100 ชนิดที่สกัดจากผู้ป่วยชาวเกาหลี ซึ่งแตกต่างจากสายเซลล์ที่มาจากตะวันตกซึ่งมักใช้กันทั่วไป เช่นเซลล์ HeLa สายเซลล์ SNU มีลักษณะทางพันธุกรรมและอีพิเจเนติกที่โดดเด่นซึ่งมีความเกี่ยวข้องโดยเฉพาะกับประชากรชาวเอเชีย โปรไฟล์อีพิเจเนติกที่ได้รับการบันทึกไว้อย่างดีของพวกเขา ซึ่งรวมถึงรูปแบบการเมทิลเลชันของดีเอ็นเอเฉพาะ ลายเซ็นการดัดแปลงฮิสโตน และภูมิทัศน์การเข้าถึงโครมาติน ทำให้เป็นทรัพยากรที่มีค่าอย่างยิ่งสำหรับการวิจัยด้านอีพิเจเนติกส์ห้องปฏิบัติการของเราได้ทำการศึกษาลักษณะเฉพาะของสายพันธุ์เหล่านี้อย่างละเอียดถี่ถ้วน ซึ่งเผยให้เห็นการเปลี่ยนแปลงทางอีพิเจเนติกที่เฉพาะเจาะจงต่อโรคมะเร็ง ซึ่งสามารถเป็นเป้าหมายที่เป็นไปได้สำหรับยาที่ปรับเปลี่ยนอีพิเจเนติกและการพัฒนาตัวบ่งชี้ทางชีวภาพ

เพิ่มในบทสนทนา

แบบจำลองที่เหมาะสมสำหรับการวิจัยตัวปรับเปลี่ยนอีพิเจเนติก

ภูมิทัศน์อีพิเจเนติกที่เป็นเอกลักษณ์ของสายพันธุ์เซลล์ SNU ทำให้พวกมันเป็นแบบจำลองที่ยอดเยี่ยมสำหรับการประเมินสารปรับเปลี่ยนอีพิเจเนติกในการศึกษาของเราโดยใช้เซลล์ AGSร่วมกับสายพันธุ์มะเร็งกระเพาะอาหาร SNU เราได้สังเกตเห็นการตอบสนองที่แตกต่างกันต่อสารยับยั้ง HDAC เช่น vorinostat และ panobinostat โดยสายพันธุ์ SNU-601 และ SNU-638 แสดงความไวต่อสารยับยั้ง DNA methyltransferase อย่างโดดเด่น ในขณะที่สายพันธุ์ SNU-449 และ SNU-475 ซึ่งเป็นเซลล์มะเร็งตับ แสดงการตอบสนองที่แตกต่างกันต่อสารยับยั้ง bromodomain และสารยับยั้ง EZH2การตอบสนองที่หลากหลายเหล่านี้มีความสัมพันธ์กับสถานะอีพิเจเนติกพื้นฐานของพวกเขา ทำให้ผู้วิจัยสามารถระบุตัวบ่งชี้ทางชีวภาพที่ทำนายประสิทธิภาพของการรักษาได้ โดยการเปรียบเทียบผลกระทบของตัวปรับอีพิเจเนติกในสายพันธุ์ SNUและเซลล์ HepG2 ของเรา เราได้ค้นพบจุดอ่อนเฉพาะของมะเร็งที่อาจนำไปสู่แนวทางการรักษาที่ตรงเป้าหมายได้

เพิ่มในบทสนทนา

การวิจัยทางอีพิเจเนติกของมะเร็งกระเพาะอาหารกับสายพันธุ์ SNU

SNU-1, SNU-16 และ SNU-5 ได้กลายเป็นแบบจำลองหลักในการวิจัยทางอีพิเจเนติกของมะเร็งกระเพาะอาหาร เนื่องจากมีโปรไฟล์โมเลกุลที่ได้รับการจำแนกอย่างละเอียดSNU-1 แสดงรูปแบบการลดเมทิลเลชันทั่วโลกพร้อมกับการเพิ่มเมทิลเลชันเฉพาะจุดของยีนกดการเจริญเติบโตของเนื้องอก ในขณะที่ SNU-16 แสดงการเพิ่มจำนวนของ FGFR2 และลายเซ็นเมทิลเลชันของเกาะ CpG ที่แตกต่างกัน SNU-5 แสดงรูปแบบการดัดแปลงฮิสโตนที่เป็นเอกลักษณ์ โดยเฉพาะการเพิ่มปริมาณของ H3K27me3 ที่ตำแหน่งยีนพัฒนาการเมื่อเปรียบเทียบสายเซลล์เหล่านี้กับเซลล์ MKN-45 ของเรา นักวิจัยสามารถระบุการเปลี่ยนแปลงทางอีพิเจเนติกที่คงอยู่ซึ่งมีความสำคัญต่อการพัฒนาของมะเร็งกระเพาะอาหาร สายเซลล์กระเพาะอาหาร SNU เหล่านี้ได้เปิดเผยยีนที่ถูกปิดการทำงานทางอีพิเจเนติกที่สำคัญ รวมถึง CDH1, RUNX3 และ MLH1 ซึ่งให้ข้อมูลเชิงลึกที่มีคุณค่าเกี่ยวกับบทบาทของความผิดปกติในการควบคุมอีพิเจเนติกในกระบวนการเกิดมะเร็งกระเพาะอาหารและเป้าหมายที่เป็นไปได้สำหรับการรักษาด้วยวิธีอีพิเจเนติก

การวิจัยเชิงอีพิเจเนติกของมะเร็งตับชนิดเซลล์ตับโดยใช้สายพันธุ์ SNU

สายเซลล์ SNU ที่ได้มาจากมะเร็งตับชนิด hepatocellular carcinoma (SNU-387, SNU-423, และ SNU-449) แสดงให้เห็นถึงภูมิทัศน์ทางอีพิเจเนติกที่แตกต่างกันซึ่งมีความสำคัญต่อการทำความเข้าใจชีววิทยาของมะเร็งตับ SNU-387 แสดงให้เห็นการเกิด hypermethylation ของ DNA อย่างกว้างขวางในยีนที่กดการเกิดเนื้องอกและการเปลี่ยนแปลงที่เด่นชัดในการเข้าถึงโครมาตินSNU-423 แสดงโปรไฟล์การอะเซทิลเลชันของฮิสโตนที่ไม่เหมือนใคร โดยมีการเปลี่ยนแปลงการอะเซทิลเลชันของ H3K27 อย่างมีนัยสำคัญหลังจากการยับยั้ง HDAC ทำให้เป็นคู่ที่เหมาะอย่างยิ่งสำหรับเซลล์ HepG2ของเราในการศึกษาเปรียบเทียบทางอีพิเจเนติกส์SNU-449 ซึ่งมีลักษณะเด่นคือมีการกลายพันธุ์ของ p53 และการแสดงออกของ EZH2 ที่ผิดปกติ แสดงการตอบสนองที่แตกต่างกันต่อสารยับยั้งฮิสโตนเมทิลทรานสเฟอเรส สายเซลล์มะเร็งตับ SNU เหล่านี้ได้เปิดเผยเส้นทางที่ถูกควบคุมโดยอีพิเจเนติกส์ที่สำคัญซึ่งควบคุมการเพิ่มจำนวนเซลล์ การต้านทานการตายของเซลล์ และการไวต่อยาโซราเฟนิบ ทำให้เป็นแบบจำลองที่มีคุณค่าสำหรับการพัฒนากลยุทธ์การรักษาที่อิงกับอีพิเจเนติกส์สำหรับมะเร็งตับชนิดเซลล์ต้นกำเนิด

การตรวจสอบความถูกต้องและการจำแนกคุณลักษณะสำหรับการวิจัยอีพิเจเนติกส์ที่สามารถทำซ้ำได้

ที่ Cytion เราให้ความสำคัญกับความสำคัญของการตรวจสอบความถูกต้องและการจำแนกเซลล์ไลน์ SNU อย่างถูกต้องเพื่อให้แน่ใจว่าการศึกษาตัวปรับแต่งอีพีเจเนติกส์สามารถทำซ้ำได้ ทุกเซลล์ไลน์ SNU ในคอลเลกชันของเราผ่านการตรวจสอบความถูกต้องอย่างครอบคลุมโดยใช้การวิเคราะห์แบบสั้นซ้ำ (STR) และบริการตรวจสอบความถูกต้องของเซลล์ไลน์ - มนุษย์ของเราเพื่อยืนยันตัวตนทางพันธุกรรมเราทำการทดสอบการปนเปื้อนของเชื้อ Mycoplasmaเป็นประจำ ซึ่งอาจเปลี่ยนแปลงรูปแบบทางอีพิเจเนติกได้อย่างมีนัยสำคัญ นอกจากนี้ เรายังดำเนินการวิเคราะห์โปรไฟล์อีพิเจเนติกส์อย่างสม่ำเสมอ รวมถึงการวิเคราะห์การเมทิลเลชันของดีเอ็นเอทั่วทั้งจีโนม การวิเคราะห์ ChIP-seq สำหรับการดัดแปลงฮิสโตนที่สำคัญ และการวิเคราะห์ ATAC-seq สำหรับการเข้าถึงโครมาติน การวิเคราะห์เชิงลึกนี้ช่วยให้ผู้วิจัยสามารถเลือกแบบจำลอง SNU ที่เหมาะสมที่สุดสำหรับการศึกษาตัวดัดแปลงอีพิเจเนติกส์เฉพาะทางของตน กำหนดค่าพื้นฐานที่เชื่อถือได้ และสร้างผลลัพธ์ที่สามารถทำซ้ำได้และนำไปประยุกต์ใช้ ซึ่งช่วยเพิ่มความเข้าใจของเราเกี่ยวกับอีพิเจเนติกส์ของมะเร็ง