01General information
- Description
La lignée cellulaire GM12878 est une lignée de cellules lymphoblastiques humaines bien caractérisée, transformée par le virus d’Epstein-Barr (EBV). Elle a été utilisée comme lignée cellulaire de niveau 1 (Tier 1) dans le cadre du projet Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE), ce qui en fait l’un des modèles les plus étudiés en recherche génétique et transcriptomique. Provenant d’une donneuse, la lignée GM12878 est reconnue pour son caryotype stable comparativement à des lignées cellulaires plus couramment utilisées, telles que HeLa et HEK293, qui présentent une aneuploïdie chromosomique importante.
Ces cellules sont particulièrement précieuses pour comprendre la structure de la chromatine, la régulation génique et la réponse immunitaire en raison de leur lignée de lymphocytes B. Les cellules GM12878 ont été utilisées dans des études à haut débit, notamment des analyses ChIP-seq pour cartographier les sites de liaison des facteurs de transcription et les modifications des histones, des analyses MNase-seq pour la cartographie des nucléosomes, et des analyses RNA-seq pour le profilage transcriptomique. Les études menées sur la lignée GM12878 ont permis d’élucider certains aspects des interactions entre les facteurs de transcription, tels que la liaison de FOXM1 et de ses cofacteurs, ainsi que leurs rôles dans le cycle cellulaire et les voies de la réponse immunitaire.
De plus, la lignée GM12878 a servi de plateforme pour des expériences d’édition génomique visant à créer des matériaux de référence pour la validation du séquençage de nouvelle génération (NGS). Par exemple, des modifications génomiques induites par CRISPR/Cas9 ont été introduites dans la lignée GM12878 afin de développer des matériaux de contrôle pour l’analyse des mutations cancéreuses, illustrant ainsi son application en médecine de précision et en tests génétiques.
- Tissue
- Sang périphérique
- Synonyms
- GM-12878
02Classification
- Organism
- Human
- Sex
- Female
- Growth properties
- Suspension
- Biosafety level
- 2
03Characteristics
- Morphology
- De type lymphoblaste
04Identifiers
- Citation
- GM12878 (numéro de catalogue Cytion 305439)
- NCBI TaxID
- 9606
- Cellosaurus
- CVCL_7526
05Expression and susceptibility
- Mutational profile
- Mutation : CYP2C19, p.Pro227Pro (c.681G>A)
- Viruses
- Transformant : virus d'Epstein-Barr (EBV)
06Handling and culture
- Culture medium
- RPMI 1640, contenant 2,0 mM de glutamine stable et 2,0 g/L de NaHCO₃ (numéro d'article Cytion 820700a)
- Incubation atmosphere
37 °C, 5 % de CO₂, atmosphère humidifiée.
- Supplements
- Ajouter 15 % de FBS au milieu de culture
- Subculturing
- Entretenir les cultures en ajoutant ou en remplaçant périodiquement le milieu de culture. Démarrer les cultures à une densité de 5 × 10⁵ cellules/ml et maintenir la concentration cellulaire dans une fourchette comprise entre 3 × 10⁵ et 1 × 10⁶ cellules/ml pour une croissance optimale.
- Post-thaw recovery
- Après la décongélation, laissez les cellules se remettre du processus de congélation pendant au moins 24 heures
- Thawing and culturing
Confirm that the vial remains deeply frozen upon delivery, as cells are shipped on dry ice to maintain optimal temperatures during transit.
Upon receipt, either store the cryovial immediately at temperatures below -150°C to ensure the preservation of cellular integrity, or proceed to step 3 if immediate culturing is required.
For immediate culturing, swiftly thaw the vial by immersing it in a 37°C water bath with clean water and an antimicrobial agent, agitating gently for 40-60 seconds until a small ice clump remains.
Perform all subsequent steps under sterile conditions in a flow hood, disinfecting the cryovial with 70% ethanol before opening.
Carefully open the disinfected vial and transfer the cell suspension into a 15 ml centrifuge tube containing 8 ml of room-temperature culture medium, mixing gently.
Centrifuge the mixture at 300 x g for 3 minutes to separate the cells and carefully discard the supernatant containing residual freezing medium.
Gently resuspend the cell pellet in 10 ml of fresh culture medium. For adherent cells, divide the suspension between two T25 culture flasks; for suspension cultures, transfer all the medium into one T25 flask to promote effective cell interaction and growth.
Adhere to established subculture protocols for continued growth and maintenance of the cell line, ensuring reliable experimental outcomes.
07Quality control and cryopreservation
- Sterility
La contamination par les mycoplasmes est exclue à l'aide de tests basés sur la PCR et de méthodes de détection des mycoplasmes par luminescence.
Afin de s’assurer qu’il n’y a aucune contamination bactérienne, fongique ou par des levures, les cultures cellulaires font l’objet d’inspections visuelles quotidiennes.
- Freeze medium
- Comme milieu de cryoconservation, nous utilisons un milieu de croissance complet (contenant du sérum fœtal bovin) + 10 % de DMSO pour assurer une viabilité adéquate après décongélation, ou du CM-1 (référence Cytion 800100), qui contient des osmoprotecteurs et des stabilisateurs métaboliques optimisés pour améliorer la récupération et réduire le stress induit par la cryoconservation.
- Storage conditions
Pour une conservation à long terme, placez les flacons dans de l’azote liquide en phase vapeur à une température comprise entre environ −150 et −196 °C. L’entreposage à −80 °C n’est acceptable qu’à titre d’étape intermédiaire de courte durée avant le transfert dans l’azote liquide.
- Shipping conditions
Les lignées cellulaires cryoconservées sont expédiées dans de la glace sèche, dans un emballage isotherme validé contenant suffisamment de réfrigérant pour maintenir une température d’environ −78 °C pendant tout le transport. À la réception, inspectez immédiatement le conteneur et transférez sans délai les flacons dans un lieu de stockage approprié.
08Donor
- Donor age
- Non précisé
09Legal and safety
- Safety precautions
- Lorsqu’on prévoit entreposer un cryotube dans de l’azote liquide en vue d’une décongélation ultérieure, il est impératif de respecter des mesures de sécurité rigoureuses. Le port de gants et de vêtements de protection appropriés est essentiel, et l’utilisation d’un masque facial ou de lunettes de protection est obligatoire lors du transfert d’échantillons congelés vers ou depuis le réservoir d’azote liquide. Cette précaution vise à réduire le risque de blessure causé par d’éventuelles explosions de cryotubes lors de leur retrait, pouvant entraîner la projection de fragments coupants.
- Warranty
Chez Cytion, nous garantissons la qualité et la viabilité de nos produits. Nous garantissons que nos cellules seront viables au début de la culture pendant 60 jours à compter de leur expédition depuis nos installations. Nous assurons que tous les matériaux sont conformes aux spécifications décrites dans le certificat d’analyse et/ou la fiche technique du produit.
Pour plus de détails, veuillez consulter notre déclaration de garantie.
- Material Transfer Agreement required
- Yes
