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GM12878
Tessuto
Sangue periferico
Sinonimi
GM-12878

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GM12878

Cell line · Codice prodotto 305439

La linea cellulare GM12878 è una linea cellulare linfoblastoide umana ben caratterizzata, trasformata dal virus di Epstein-Barr (EBV). È stata utilizzata come modello standard...

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01Informazioni generali

Descrizione

La linea cellulare GM12878 è una linea cellulare linfoblastoide umana ben caratterizzata, trasformata con il virus di Epstein-Barr (EBV). È stata utilizzata come linea cellulare standard di livello 1 nel progetto Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE), diventando uno dei modelli più studiati per la ricerca genetica e trascrittomica. Proveniente da una donatrice femmina, GM12878 è nota per il suo cariotipo stabile rispetto a linee cellulari più comunemente utilizzate come HeLa e HEK293, che presentano un'ampia aneuploidia cromosomica.

Queste cellule sono particolarmente preziose per la comprensione della struttura della cromatina, della regolazione genica e della risposta immunitaria, grazie al loro linfocita B. Le cellule GM12878 sono state impiegate in studi ad alto rendimento, tra cui analisi ChIP-seq per mappare i siti di legame dei fattori di trascrizione e le modifiche degli istoni, MNase-seq per la mappatura dei nucleosomi e RNA-seq per la profilazione del trascrittoma. Gli studi condotti con GM12878 hanno chiarito aspetti delle interazioni tra fattori di trascrizione, come il legame di FOXM1 e dei suoi cofattori, e il loro ruolo nel ciclo cellulare e nelle vie di risposta immunitaria.

Inoltre, GM12878 è servito come piattaforma per esperimenti di editing del genoma volti a creare materiali di riferimento per la convalida del sequenziamento di nuova generazione (NGS). Ad esempio, le modifiche del genoma mediate da CRISPR/Cas9 sono state introdotte in GM12878 per sviluppare materiali di controllo per l'analisi delle mutazioni del cancro, illustrando la sua applicazione nella medicina di precisione e nei test genetici.

Tessuto
Sangue periferico
Sinonimi
  • GM-12878

02Classificazione

Organismo
Umano
Sesso
Donna
Proprietà di crescita
Sospensione
Livello di biosicurezza
2

03Caratteristiche

Morfologia
Linfoblasto-simile

04Identificatori

Riferimento bibliografico
GM12878 (numero di catalogo Cytion 305439)
Codice fiscale NCBI
9606
Cellosaurus
CVCL_7526

05Espressione e suscettibilità

Profilo mutazionale
Mutazione: CYP2C19, p.Pro227Pro (c.681G>A)
Virus
Trasformante: Virus di Epstein-Barr (EBV)

06Manipolazione e coltura

Terreno di coltura
RPMI 1640, w: 2,0 mM di glutammina stabile, w: 2,0 g/L di NaHCO3 (articolo Cytion numero 820700a)
Atmosfera di incubazione

37°C, 5%CO2, atmosfera umidificata.

Integratori
Integrare il terreno di coltura con il 15% di FBS
Subcoltura
Mantenere le colture aggiungendo o sostituendo periodicamente il terreno. Avviare le colture con una densità di 5 x 105 cellule/ml e mantenere la concentrazione cellulare compresa tra 3 x 105 e 1 x 106 cellule/ml per una crescita ottimale.
Recupero post-scongelamento
Dopo lo scongelamento, lasciare che le cellule si riprendano dal processo di congelamento per almeno 24 ore
Scongelamento e coltura
  1. Confirm that the vial remains deeply frozen upon delivery, as cells are shipped on dry ice to maintain optimal temperatures during transit.

  2. Upon receipt, either store the cryovial immediately at temperatures below -150°C to ensure the preservation of cellular integrity, or proceed to step 3 if immediate culturing is required.

  3. For immediate culturing, swiftly thaw the vial by immersing it in a 37°C water bath with clean water and an antimicrobial agent, agitating gently for 40-60 seconds until a small ice clump remains.

  4. Perform all subsequent steps under sterile conditions in a flow hood, disinfecting the cryovial with 70% ethanol before opening.

  5. Carefully open the disinfected vial and transfer the cell suspension into a 15 ml centrifuge tube containing 8 ml of room-temperature culture medium, mixing gently.

  6. Centrifuge the mixture at 300 x g for 3 minutes to separate the cells and carefully discard the supernatant containing residual freezing medium.

  7. Gently resuspend the cell pellet in 10 ml of fresh culture medium. For adherent cells, divide the suspension between two T25 culture flasks; for suspension cultures, transfer all the medium into one T25 flask to promote effective cell interaction and growth.

  8. Adhere to established subculture protocols for continued growth and maintenance of the cell line, ensuring reliable experimental outcomes.

07Controllo di qualità e crioconservazione

Sterilità

La contaminazione da micoplasma viene esclusa utilizzando sia saggi basati sulla PCR sia metodi di rilevamento del micoplasma basati sulla luminescenza.

Per garantire l'assenza di contaminazione batterica, fungina o da lieviti, le colture cellulari sono sottoposte a ispezioni visive quotidiane.

Terreno di coltura congelato
Come terreno di crioconservazione, utilizziamo un terreno di crescita completo (incluso FBS) + 10% DMSO per un'adeguata vitalità post-scongelamento, o CM-1 (numero di catalogo Cytion 800100), che include osmoprotettori e stabilizzatori metabolici ottimizzati per migliorare il recupero e ridurre lo stress crio-indotto.
Condizioni di conservazione

Per la conservazione a lungo termine, porre le fiale in azoto liquido in fase vapore a una temperatura compresa tra -150 e -196 °C circa. La conservazione a -80 °C è accettabile solo come breve fase intermedia prima del trasferimento in azoto liquido.

Condizioni di spedizione

Le linee cellulari crioconservate vengono spedite su ghiaccio secco in confezioni isolate e convalidate, con una quantità di refrigerante sufficiente a mantenere circa -78 °C durante il trasporto. Al ricevimento, ispezionare immediatamente il contenitore e trasferire immediatamente le fiale in un luogo di conservazione appropriato.

08Donatore

Età dei donatori
Non specificato